Zuerst wird der betroffene Zahn geröntgt. Im Röntgenbild sieht der Zahnarzt, ob die Behandlung des Zahnes sinnvoll ist. Wenn beispielsweise die Wurzelkanäle zu stark gekrümmt sind, ist in manchen Fällen die Aussicht auf eine erfolgreiche Behandlung zu gering.
Nach der Betäubung wird der Zahn trockengelegt. Dazu wird oft ein Gummituch (Kofferdam) um den Zahn gespannt, damit er nicht mit dem Speichel und Mundbakterien in Kontakt kommt. Außerdem schützt es davor, dass Spülflüssigkeiten verschluckt werden.
Danach bohrt der Zahnarzt den Zahn auf, um an das Innere zu gelangen und begutachtet die Wurzelkanäle. Meist verwendet er dazu ein Mikroskop oder eine Lupenbrille. Wichtig ist, dass der Arzt erkennt, wie lang der jeweilige Wurzelkanal ist, damit er ihn exakt reinigen und später ausreichend füllen kann. Deswegen sind in der Regel weitere Röntgenaufnahmen oder elektrometrische Messungen notwendig.
Aus dem Wurzelkanal wird im nächsten Schritt mit kleinen Handinstrumenten das komplette Gewebe entfernt. Der Kanal wird dabei zugleich erweitert und mit antibakteriellen Lösungen gespült. Als weitere Methoden, die Kanäle keimfrei zu machen, können Ultraschallverfahren, Laser- und Ozontherapie eingesetzt werden.
Bei den hinteren Backenzähnen ist die Behandlung aufwändig, da sie zwei bis drei Wurzeln und bis zu vier Kanäle haben. Daher dauert ihre Behandlung mehrere Sitzungen.
Zwischen den Terminen gibt der Arzt ein entzündungshemmendes Medikament in den Wurzelkanal und verschließt die Öffnung mit einer provisorischen Füllung. Die ist gelegentlich nötig, wenn das Zahninnere bereits stark entzündet war.
Wenn der Zahn nicht mehr schmerzt und der Wurzelkanal keimfrei und trocken ist, kann der Wurzelkanal endgültig gefüllt werden. Das Füllmaterial besteht normalerweise aus Guttapercha-Stiften (einer gummiähnlichen Substanz aus Palmensaft) und speziellen Pasten.
Der Zugang zur Zahnhöhle wird wieder verschlossen. Nach der Behandlung und eventuell noch einmal nach drei bis sechs Monaten wird der Erfolg der Wurzelkanalbehandlung mit einem Röntgenbild geprüft.
Danach wird der Zahn wie bei einer Kariesbehandlung wiederhergestellt. Bei Schneidezähnen reicht oft eine Kunststofffüllung, bei Backenzähnen muss meistens eine Krone oder Teilkrone angepasst werden.